Nhà máy đạm Phú Mỹ đã trải qua hơn 5 năm hoạt động, đội ngũ vận hành & bảo dưỡng của Nhà máy đã trưởng thành rất nhiều (cả về kỹ thuật lẫn trình độ quản lý), về cơ bản đã thực sự làm chủ được công nghệ cũng như thiết bị đảm bảo cho việc vận hành an tòan, hiệu quả. Tuy nhiên để xứng tầm với mức độ hiện đại và phù hợp với yêu cầu phát triển chung đặc biệt là áp lực về sự hội nhập, có một số vấn đề Nhà máy đang và sẽ phải giải quyết trong thời gian tới đây như: Nâng cao hơn nữa độ tin cậy trong công tác bảo dưỡng, sửa chữa cũng như trong vận hành. Chuyển dần hình thức bị động sang chủ động tới mức độ cao nhất. Quản lý một cách có hệ thống (bằng máy tính) trên cơ sở có sự trợ giúp của các phần mềm, các công cụ giám sát và phân tích hiện đại. Đào tạo và xây dựng đội ngũ chuyên gia trên các lĩnh vực, đội ngũ công nhân lành nghề, tính chuyên nghiệp cao. Để giải quyết được các vấn đề đó, đòi hỏi phải xây dựng một chiến lược bảo dưỡng hợp lý, đáp ứng được đầy đủ các yêu cầu